Анимус 3.0

Очнувшись от коматозного состояния, Дезмонд вошел в Анимус 3.0 (англ. Animus 3.0), чтобы вновь пережить воспоминания еще одного из своих предков. Как и в случае с Animus 2.0, Шон продолжал писать записи в базу данных для системы Animus 3.0. Обновление 3.0 было сделано во время того, как Дезмонд находился в коме, и было в основном обновлением программного обеспечения, которое включало новый пользовательский интерфейс и изменения в средствах управления движением кукловода. Однако аппаратное обеспечение Анимуса осталось таким же, как и раньше.

Анимус действительно претерпел косметические изменения, хотя ничем кардинально не отличался от Анимуса 2.0. Основное отличие заключалось в том, что оборудование Анимуса, а именно подголовник и подлокотники, больше не нужно было прикреплять к стулу для работы, а это означало, что Анимус можно было установить практически на любой плоской поверхности. Это сделало его гораздо более портативным: его можно было нести в Большой Храм в трех коробках, которые несли Ребекка, Шон и Уильям Майлз.